1956年4月18日撤消镇远专区建立黔东南苗族侗族自治州

秦代属黔中郡和象郡。

西汉时期属武陵郡和牂牁郡。

隋代属牂牁郡、沅陵郡和治安郡。

唐代属黔中道，置有充州、应州、亮州等羁縻州和奖州等经制州。

宋代分属荆湖北路、夔州路和广南路，置有邛水县、安夷县和亮州、古州等羁縻州。

元代属四川行省播州宣慰司和湖广行省思州宣慰司，置有麻峡县、黄平府、镇远军民总管府及古州八万洞民总管府。

明洪武年间设镇远、清浪、铜鼓、五开、偏桥、古州、清平、兴隆8卫；永乐十一年（1413年）废思州等宣慰司，置思州、镇远、黎平、新化4府，隶属贵州布政使司；宣德九年（1434年）撤新华府并入黎平府；正统九年（1444年）置施秉、永从2县；弘治七年（1494年）置麻哈州及清平县，十一年（1498年）置镇远县；万历二十五年（1597年）置天柱县，二十八年（1600年）置黄平州。

清康熙年间，镇远、偏桥、清平3卫分别并入镇远、施秉、清平县，兴隆卫并入黄平州；雍正五年（1727年）改五开、铜鼓、清浪3卫，置开泰、锦屏、青溪3县；雍正七年（1729年）至十一年（1733年），先后置八寨、丹江、清江、古州、台拱5厅，分属镇远、黎平、都匀3府管辖；乾隆三十六年（1771年）置下江厅，隶黎平府。

民国二年（1913年），改府、州、厅为县，设镇远、施秉、青溪、思县、邛水、天柱、锦屏、黎平、下江、永从、榕江、丹江、台拱、剑河、黄平、炉山、八寨、麻哈共18县。

民国三年（1914年）设黔东道，治镇远，领镇远、邛水等26县。

民国十二年（1923年）废道，各县直属于省。

民国十九年（1930年），思县易名岑巩县，二十年（1931年）麻哈县更名麻江县。

民国二十四年（1935年）全省建立11个行政督察区，其中第八行政督察区专员公署驻镇远，第十行政督察区专员公署驻黎平，后经过民国二十五年（1936年）和二十六年（1937年）两次调整，原第十行政督察区撤消，原第八行政督察区改为第一行政督察区（仍驻镇远）。

民国三十年（1941年），裁清溪县并入镇远等县，裁丹江县，将丹江河以西之地并入八寨县，八寨县易名丹寨县，丹江河以东之地并入台拱县，台拱县改名台江县。

民国三十三年（1944年），以原丹江县区域建立雷山设置局，三十七年（1948年）改雷山设置局为雷山县。

1956年4月18日，撤消镇远专区，建立黔东南苗族侗族自治州，原镇远专区的余庆县划归遵义专区，都匀专区的麻江、丹寨、黎平、从江、榕江5县划入黔东南自治州，自治州辖16个县，州人民政府驻凯里。