2000年5月21日国务院批准撤销花都市设立广州市花都区

清康熙二十四年（公元1685年）建置，由番禺、南海析出部分土地建设新县。因县城所在地近花城，取新县名为花县，隶属广州府。

民国3年（1914），花县属粤海道。

民国9年，由广东省直辖。民国25年，归省第一行政督察区。抗战爆发后，隶西江行署。

民国32年，复归第一行政督察区，次年改属省政府直属督察区。

1949年10月13日，花县解放，属北江专区，同年12月隶属珠江专区。

1952年和1956年先后改属粤北行政区和佛山专区。1958年11月花县改名“广北县”，次年3月复名花县。

1960年4月20日划为广州市下辖县。

1993年6月18日，国务院批准撤县设市，定名“花都市”（县级市），由广东省直辖，委托广州市代管，以原花县的行政区划为花都市的行政区划。同年8月1日，花都各机关单位更名并启用新印章。

1999年8月19日，广东省人民政府批准成立花都市花侨镇（保留华侨农场牌子）。

2000年5月21日，国务院批准撤销花都市，设立广州市花都区，将原花都市的行政区划为花都区的行政区划。